Choroby, rany, nędza i trudy wojenne wkrótce i boleśnie o sobie dały znać, zapadł na ciężką chorobę, pogłębiły się kłopoty psychiczne, Kornel Makuszyński, jego podkomendny z czasów wojny polsko-bolszewickiej, ten, któremu Małaczewski zadedykował opowiadanie pt. „Miodowy Tydzień Na Ukrainie", tak poetycko odnotował ostatni okres życia geniusza:
„Wszystkie rany, wojowania, pochody i nędzę zwołały na Niego najcięższa gruźlicę. Został skazany na śmierć. Zbyt mądry był i przenikliwy, aby o tym nie wiedzieć. Wysłaliśmy Go do Zakopanego. Strach było patrzeć, jak ten cudowny chłopiec powoli umiera. Łzy miał w oczach każdy, kto na Niego spojrzał, a tylko jeden człowiek uśmiechał się wtedy ze słodyczą – pan porucznik Małaczewski. Taki był pogodny, jak lazurowa strzecha, to niebo, o którym pisał wiersze, i był wielkim spokojem spokojny. Na twarzy miał uśmiech ze świata. Czekał nieuchronnej śmierci i wtedy rozprawiał o Bogu i rozmawiał tylko z Bogiem".
W przeczuciu rychłego odejścia w 1922 r. Eugeniusz Małaczewski opublikował tomik poezji zatytułowany „Pod lazurową strzechą", osadzony w tradycji literatury romantycznej, ale jakże ożywczy. Pomieścił w nim zarówno wiersze o tematyce patriotycznej, poematy o wojnie tłumaczące celowość żołnierskiej ofiary i sens walki o wolność, jak również liryki osobiste i utwory głęboko religijne.
Chory na postępującą gruźlicę i dręczony nawrotami choroby psychicznej, zmarł w Zakopanem, 19 kwietnia 1922 r. i został pochowany na cmentarzu parafialnym przy ul. Nowotarskiej.