Argumentem moskwian za nieuznaniem EAPK był brak w nim biskupów i kanonicznie niezbędnych urządzeń kościelnych, jak seminarium duchowne, sąd biskupi, wydawnictwa.
W tak trudnej sytuacji z pomocą przyszedł Fiński Autonomiczny Kościół Prawosławny, a w szczególności Arcybiskup Karelii i Całej Finlandii Johannes (Rinne) oraz biskup pomocniczy z Joensuu Ambrosius (Risto Jääskeläinen). Zostali oni delegowani przez Patriarchat Ekumeniczny wraz z księdzem Heikki Huttunenem do rekonstrukcji odradzającego się Kościoła, który tymczasowo podlegał Arcybiskupowi Finlandii jako locum tenens.
W 1999 roku doszło do porozumienia miedzy Konstantynopolem a Moskwą, na mocy którego parafie prawosławne w Estonii dobrowolnie wybierały przynależność kościelną: albo do autonomicznego Estońskiego Apostolskiego Prawosławnego kościoła albo do Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Moskiewskiego. Za pierwszą opcją opowiedziało się 54 spośród 85 ówczesnych parafii. Podział ten nie zawsze jednak odpowiadał podziałowi narodowościowemu. Są bowiem po dziś dzień parafie o większości estońskiej, które wybrały Moskwę i parafie o większości rosyjskie, które opowiadały się, za Konstantynopolem.
W 1999 roku doszło do wyboru estońskiego metropolity Tallinnna i całej Estonii, którym został Stephanos (Charalambides), dotychczasowy biskup pomocniczy Metropolii Francuskiej Patriarchy Ekumenicznego.
Metropolita jest Francuzem z Cypru, podobnie jak administrator apostolski Kościoła rzymskokatolickiego w Rewlu - biskup Philippe Jean-Charles Jourdan. Znać, Estończycy potrafią znaleźć sojuszników w Europie zachodniej. Nie ma złudzeń, że za tymi wyborami i nominacjami idzie finansowe wsparcie, choćby na uposażenie biskupów. Polski biskup musiał bowiem zrezygnować z administratury w Finlandii, bo nie miał mu kto dopłacać do kurii.
Estoński Apostolski Prawosławny Kościół (Eesti Apostlik Ŏigeusu Kirik) liczy obecnie 7.000 wiernych, w przeważającej większości narodowości estońskiej, skupionych w 60 parafiach, w których posługuje 20 księży i 7 diakonów. W armii estońskiej posługę duchowną świadczy 2 kapelanów. Od 9 marca 2012 roku w Reomäe na Ozylii funkcjonuje żeński skit pw. św. Jana Chrzciciela. Parafie są małe, rozrzucone po całej Estonii. Bardzo często mają one charakter estońskich placówek narodowych, opozycyjnie nastawionych do otaczającego je rosyjskiego prawosławia. Niemniej, mimo wysokiego stopnia laicyzacji Estończyków gorliwość religijna tych wspólnot jest wyjątkowa.
W październiku 2003 roku Sobór Generalny zatwierdził nowy statut Kościoła. EAPK w liturgii posługuje się językiem estońskim. W sferze muzycznej odwołuje się zarówno do tradycji bizantyjskiej, jak i estońskiej. Kościół wydaje czasopismo „Usk ja Elu” („Wiara i Życie”) oraz wewnętrzny dwumiesięczny biuletyn „Metropolia”.
26 maja 2011 roku Sobór EAKP podjął decyzję o przyjęciu kalendarza gregoriańskiego.
Z racji nieuznania jego autonomii przez Kościół – matkę czyli Patriarchat Moskiewski, Kościół ten nie jest jednak uznany przez inne Kościoły prawosławne, podobnie jak Cerkwie na Ukrainie, w Chinach i Japonii. Niemniej Patriarchat Konstantynopolski otacza go swoją opieką, dowodem czego była wizyta patriarchy Bartolomeusa I w październiku 2000 roku. Patriarcha na dowód kanoniczności EAPK sprawował w jego świątyniach Świętą Liturgię. W czerwcu 2003 roku przybył on też do Estonii na kongres ekologiczny.
Od 21 października 2008 roku istnieją dwie nowe diecezje: dorpacka z biskupem Ilją (Oipärv) i parnawsko-ozylska z biskupem Aleksandrem (Hopërski). Gwarantuje to EAKP status autonomiczny.
Dopiero w kwietniu 2002 roku, po wieloletnich debatach i procesach sądowych zalegalizowano według prawa estońskiego, istniejący de facto, lecz nie de jure, Estoński Prawosławny Kościół Patriarchatu Moskiewskiego (Moskva Patriarhaudi Eesti Ŏigeusu Kirik), wówczas w randze metropolii zagranicznej. Na jej czele stoi od 1990 roku biskup Kornelius, który od 1995 roku posiadał rangę arcybiskupa, a od 2000 roku – metropolity. Od 2009 roku wspomaga go wikary eparchialny-biskup narwski Łazar (Gurkin), który 30 maja 2011 roku stał się biskupem ordynariuszem odrodzonej diecezji w Narwie.
Kościół ów, dziś w randze egzarchatu, składa się z 33 parafii, skupiających 150.000 wiernych, choć liczba ta zdaje się być znikoma. W wielu przypadkach deklaracja przynależności do tego Kościoła ma bowiem charakter formalny, manifestacyjny i wpisuje się w wieloletnie działania mniejszości rosyjskojęzycznej w Estonii, mające na celu uznanie języka rosyjskiego za drugi język państwowy oraz zwiększenie uprawnień tej mniejszości. Podobnie jak w Rosji, społeczność ta wykazuje tendencje ksenofobiczne i izolacjonistyczne, rezultatem których jest ukształtowanie się synonimicznego związku między pojęciem „prawosławny” a „Rosjanin”. Prawosławie dla Rosjan staje się bowiem obecnie częścią ich tożsamości narodowej i kulturowej. Jest wartością, która ma odróżniać „prawdziwych Rosjan” od „reszty świata”. Narasta więc zjawisko zewnętrznego, werbalnego tylko wyrażania przywiązania do prawosławia. Szczególną aktywność w tym zakresie przejawiają nowo nawróceni („nowi wierni”), często do niedawna członkowi partii komunistycznej, którzy choć zazwyczaj nie uczestniczą w nabożeństwach niedzielnych, a czasami tylko w świątecznych, to jednak głośno manifestują swoją przynależność konfesyjną. Traktują ją jako wyróżnik swojej narodowości. Ich tożsamość buduje „noworuska Trójca”: narodowość-(atrapa) prawosławia-państwo (rosyjskie). Uprawiają prawosławny nacjonalizm.
Cerkiew Patriarchatu Moskiewskiego posiada, jednak, co umacnia duchowość prawosławia- Piuchtiński Klasztor Żeński pw. Opieki Bogurodzicy w Kuremäe, o który jednak upomina się EAKP. Wydaje miesięcznik „Mir Prawosławija” („Świat Prawosławia”).
„Cerkiew Moskiewska”, jak potocznie, nie bez nuty szyderstwa, Estończycy nazywają ten Kościół, w ostatnich latach wspiera duchowo i moralnie, pozostawioną samą sobie mniejszość rosyjską. W miejscowościach o znacznej liczbie Rosjan organizuje uroczystości i różne przedsięwzięcia kulturalno- oświatowe. Współpracuje w tym zakresie z domami kultury i szkołami. Prowadzi pracę charytatywną. Poprzez Radę Kościołów Estonii zamierza doprowadzić do nauczania religii prawosławnej w szkołach. Największym obszarem tej aktywności jest więc Rewel (Tallinn), Narwa i Okręg Kohtla-Järve, w którym również, z racji obecności innych nacji niż estońska, aktywny jest Kościół rzymskokatolickii.
Estońscy Rosjanie przeżywają kryzys społeczno-moralny. Od 1991 roku liczba samobójstw w ich populacji wzrosła o 40 procent, a w zagłębiu łupków bitumicznych Kohtla-Järve o 50 procent. W okręgu tym 20 tysięcy osób ma obywatelstwo estońskie, 5 tysięcy rosyjskie, a 20 tysięcy nie ma żadnego obywatelstwa. W grupie bezpaństwowców dominują Rosjanie, choć wielu jest też Polaków, Białorusinów i Ukraińców, którzy przybyli z innych republik radzieckich do pracy i osiedli tam na stałe. Im z pomocą moralną spieszy Kościół Rzymskokatolicki. Społeczność rosyjska narażona jest na demoralizację ze strony licznie odwiedzających Estonię mieszkańców Skandynawii; głównie Finów. Traktują oni ten kraj jako teren tanich uciech, w tym seksualnych. Tak wiec demoralizacja komunistyczna została zastąpiona przez konsumeryczny eudajmonizm.
W miarę możliwości buduje się obecnie nowe cerkwie, jak pw. Ikony Matki Bożej Skoroposłusznicy we wschodniej dzielnicy Rewla-Lasnamäe. W 2010 roku w Narwie powstała nowa parafia pw. św. św. Cyryla i Metodego.
W 2008 roku na cerkiew pw. św. Jana Kronsztackiego adoptowano budynek przedszkola w Loksa. Budownictwo to ma czasem charakter manifestacji narodowej obydwu nacji. W 1995 roku, jakby w stylu funkcjonalizmu estońskiego (styl młodoestoński) wystawiono cerkiew pw. Opieki Bogurodzicy w Kiviõli, ale już okazała cerkiew pw. Michała Archanioła z 1998 roku w Maardu nawiązuje do stylu retro-ruskiego i to jeszcze z czasów intensywnej rusyfikacji Estonii. Czerwona licowa cegła, wysoki kamienny cokół…
Kościół moskiewski do niedawna czynił wszystko, aby zostać legalnym sukcesorem Prawosławnego Kościoła Estonii z lat 1917-1944. Niestety, po wielu procesach na wszystkich szczeblach sądowych uznano, że EPKMP nie ma prawa do majątku PKE, ani też nie może używać jego nazwy, tak więc majątek Kościoła powierzono państwu, które wydzierżawia go.
Każdy z Kościołów ma swój poczet współczesnych świętych. Estończycy, obok świętego biskupa-męczennika Platona (Paul Kulbusch, 1869-1919) czczą dwóch kapłanów męczenników, też zamordowanych przez bolszewików w Dorpacie w 1919 roku - św. św. Mikhaila i Nicolaia, których relikwie znajdują się w cerkwi pw. Zmartwychwstania Pańskiego w Dorpacie i są celem licznych pielgrzymek. Pielgrzymki docierają również do miejsca urodzin biskupa Platona w Pootsi-Kõpu, gdzie w cerkwi pw. św. Trójcy z 1873 roku znajduje się pamiątkowa tablica. Moskwiczanie natomiast pielgrzymują do relikwii św. Sergiusza Florenskiego, kapłana zmordowanego w 1918 roku, a kanonizowanego przez ich Cerkiew w 2002 roku. Relikwie tego męczennika znajdują się w cerkwi pw. Narodzenia Pańskiego w Rakiborze (Rakvere).
Obydwa kościoły pozostają w interkomunii czyli jedności eucharystycznej, która jednak nie jest praktykowana.
Relacje między obydwoma Eklezjami są pełne napięcia, szczególnie jeśli chodzi o sprawy majątkowe. EPKMP nie uznaje prawomocności kanonicznej EAPK i ma ku temu argument nieuznawania go przez inne Kościoły prawosławne z wyjątkiem konstantynopolitańskiego. Tak więc, gdy w 2008 roku przyjęto EAPK do Konferencji Kościołów Europejskich, i to in gremio, to RPC na znak protestu zawiesiła w listopadzie swoje członkostwo w tej instytucji.
Na poziomie lokalnym sytuacja międzykościelna bywa jednak korzystniejsza i często dochodzi do poziomych układów współpracy. W wielu miejscowościach jest tylko jedna parafia, która gromadzi zarówno Estończyków jak i Rosjan.
Po rejestracji EPKPM pojawił się problem podziału majątku kościelnego. Zgodnie z prawem EAPK jest sukcesorem Prawosławnego Kościoła Estonii, lecz EPKPM chce pozyskać te świątynie, w których ulokowane są jego aktualne parafie. Dotyczy to około 20 cerkwi należących do przedwojennego EAPK. Status innych 15 cerkwi nie podlega jednak dyskusji, bowiem zostały one wybudowane później przez Patriarchat Moskiewski. EAPK nie chce pozbyć się własności spornych cerkwi, lecz godzi się na ich dzierżawę. Uważa, że najlepiej byłoby, aby pośrednikiem w tym procesie było państwo, bowiem nie wypada, aby Kościół dzierżawił drugiemu Kościołowi obiekty sakralne. Póki co spraw tych ostatecznie nie uregulowano.
Ostatnio doszło jednak do pewnego zbliżenia obu Kościołów na tej płaszczyźnie. Estończycy przekazali bowiem moskwiczanom cerkiew pw. św. Jerzego w Paldiski, mieście, które w czasach sowieckich było bazą Armii Radzieckiej, a obecnie, opuszczone przez wojsko, nie może znaleźć się w nowej rzeczywistości. To samo dotyczy zasiedziałych tam, choć przybyłych swego czasu spoza Estonii, Rosjan, Ukraińców i Białorusinów. Potrzebne jest im duchowo-moralne wsparcie, z którym spieszy Patriarchat Moskiewski. Adaptowany na świątynię pw. św. Pantelejmona budynek byłego muzeum miejskiego był już za ciasny.
„W obecnej sytuacji obydwie jurysdykcje zbudowane są nie wokół idei powszechności i jedności, lecz, opierają się na fundamencie narodowościowym, splatają swe losy, z określonymi siłami politycznymi.”ii Są to więc de facto Kościoły narodowe, tworzone na zasadzie etnofiletyzmu, co pozostaje w sprzeczności z powszechną tradycją prawosławia.
Prawosławni w Estonii to obecnie 14 procent całej populacji. Zważywszy na głęboko laicyzację społeczeństwa estońskiego podobny zakres ma luteranizm, choć oficjalne statystyki tego nie wykazują. Jeśli do tego dodać mały Kościół Rzymskokatolicki (5.000 wiernych), Związek Zborów Starowierskich (Eesti Vanasuliste Kogadaste Lit; 2.000 wiernych) oraz jeszcze mniejsze wspólnoty ewangelikalne, to odsetek zdeklarowanych chrześcijan nie przekracza liczby 40. Coraz częściej więc pojawiają się głosy o konieczności współpracy międzykościelnej w celu wspólnego prowadzenia „nowej ewangelizacji”.
Dwa nurty we współczesnej Cerkwi łotewskiej
Ogłoszona 24 sierpnia 1991 roku niepodległość Łotwy postawiła Cerkiew prawosławną w niezwykle trudnej sytuacji. Przez nowe łotewskie władze traktowana była jako reprezentacja, wrogiej przecież Rosji, zaś miejscowi Rosjanie oczekiwali od niej obrony ich zagrożonych interesów. Cerkiew organizacyjnie osłabła, gdyż w ramach rozpoczętego w 1992 roku exodusu Rosjan do Rosji, kraj opuściło też kilkunastu duchownych, co było dużym ciosem, zważywszy na niedostatek kadr cerkiewnych na Inflantach.
Pojawiły się rewolucyjne koncepcje przebudowy Cerkwi. Jedną z nich było neo-odnowlenstwo, propagowane przez moskiewskiego duchownego Gieorgija Koczetkowa. Nawiązując do popaździernikowego odnowlenstwa, lansowano jako język liturgiczny potoczny język rosyjski, eucharystię bez spowiedzi, likwidację hierarchii kościelnej i powołanie wspólnot na wzór wczesnochrześcijański, z którym każda miała być samodzielnym Kościołem.
Wystąpił też silny nurt lettyzacji Cerkwi poprzez podporządkowanie jej pod Patriarchat Konstantynopolitański. Propagatorem takiego rozwiązania był ks. Janis Kalwins z Rygi, który równocześnie lansował „chrześcijaństwo przedkonstantyńskiego okresu”, a więc takie, w którym każdy zbór byłby niezależnym Kościołem. Memoriał w tej sprawie, podpisany jeszcze przez kilku innych kapłanów, opublikowała 17 marca 1991 roku gazeta „Rīgas Balss”.
Trwająca przez 15 lat działalność tego kapłana pozbawiona była jednak wystarczającej powagi, tak więc nie zyskała zwolenników. Ostatecznie został on pozbawiony przez Sąd Duchowny stanu kapłańskiego.
Za zgodą władz państwowych, 11 sierpnia 1992 roku Świątobliwy Synod Rosyjskiej Prawosławnej Cerkwi podjął decyzję o samodzielności Cerkwi na terenie Republiki Łotewskiej, nadając jej tomosem patriarchy moskiewskiego miano Łotewskiej Prawosławnej Cerkwi. Moskwa zrzekła się łotewskiego majątku. 29 grudnia 1992 roku Sobór łotewski uchwalił Statut Cerkwi, który zarejestrowano 30 grudnia w Ministerstwie Sprawiedliwości.
Władze odrodzonej w 1991 roku Republiki Łotewskiej nie zdecydowały się na rozdział Cerkwi prawosławnej, gdyż nie miały, w odróżnieniu od Estonii, poważnej grupy cerkiewnych inicjatorów takiego kroku. W odróżnieniu od Estończyków, nie było też Cerkwi zagranicznej, która mogłaby być prawnym spadkobiercą przedwojennej Cerkwi estońskiej. Mała, samodzielna parafia łotewska, prowadzona przez protoijerija Aleksandra Černaisa w Wielkiej Brytanii nie była dla Patriarchatu Konstantynopolitańskiego partnerem. Autokefalizacja Cerkwi łotewskiej na wzór estoński była niemożliwa także z uwagi na silniejsze niż u Estończyków zakorzenienie się Rosjan w państwie (ca 40% na Łotwie, 30% w Estonii). W odbudowie niepodległości Łotwy uczestniczyli także miejscowi Rosjanie.
Niemniej bardzo szybko rozwinął się w Cerkwi panującej nurt łotewskojęzyczny. Wielu Łotyszy, nie przyznających się w czasach radzieckich do jakiejkolwiek religii, powróciło do prawosławia.
Liczna jest też grupa nowochrzczeńców. Podczas gdy na początku lat dziewięćdziesiątych XX wieku na nabożeństwa w ryskiej parafii pw. Wniebowzięcia Pańskiego, uczęszczało 10-20 osób, tak teraz jest tam 400 parafian.”iii Od 1993 roku w kalendarzach powszechnego użytku zaczęto umieszczać modlitwy w języku łotewskim. Dokonano reedycji przedwojennych wydań ksiąg liturgicznych i pobożnościowych. W 2004 roku powstała komisja do spraw przekładu ksiąg liturgicznych. W latach 2006-2009 opracowano łotewski Modlitewnik (Lūgšanu Grāmata).
W każdą trzecią sobotę miesiąca w ryskiej katedrze odprawiana jest Święta Liturgia po łotewsku, a nabożeństwa odprawiane przez metropolitę Aleksandra, mają łotewskie wstawki. W każdą pierwszą niedzielę miesiąca Liturgię po łotewsku odprawia się w klasztorze męskim pw. Świętego Ducha w Jakubowie (Jēkabpils). Z racji tego, że w niektórych regionach język rosyjski wychodzi z codziennego użycia, ukazujący się od 1999 roku miesięcznik metropolii ryskiej „Winogradnaja Łoza” zawiera dodatek w języku łotewskim „Bīnakoks”.
Dużą rolę w jednoczeniu dwóch etnicznych nurtów w Cerkwi odgrywa obecnie metropolita Aleksander (Aleksandr Iwanowicz Kudriaszow), urodzony 3 października 1939 roku w Łatgalii, w rodzinie rosyjskiej. Po ukończeniu Moskiewskiej Akademii Duchownej pracował on w łotewskich szkołach jako nauczyciel języka rosyjskiego i literatury. Z uwagi na blokadę ze strony władz, został on wyświecony na kapłana w Nadkamiu. Od 1983 roku był proboszczem parafii pw. Przemieniania Pańskiego w Rydze. Potem został dziekanem dekanatu wolmarskiego, w którym znajdowało się kilka parafii łotewskich. 22 lipca 1989 roku został biskupem wikariuszem dyneburskim. Po śmierci metropolity Rygi i całej Łotwy Leonida (Polakow), biskup Aleksander zajął 27 października 1990 roku jego tron. Znajomość spraw łotewskich i ścisły związek z łotewską ziemią sprawiły, że nowy metropolita obronił jedność Cerkwi w trudnych latach odradzania się Republiki Łotewskiej. Bardzo elastycznie podchodzi on obecnie do problemów narodowościowych w duchu jedności Kościoła. Z jego inspiracji parafie dopuszczają do głosu każdą nację.
16 lipca 2015 roku zgodził się, aby w jego imieniu łotewscy księża odprawili panichidę w 60 rocznicę śmierci metropolity Augustyna (Pētersons) na cmentarzu w Kosa. Zmarły metropolita był gorliwym zwolennikiem lettyzacji Cerkwi w okresie Pierwszej Niepodległości.
Założona w 1868 roku parafia pw. Opieki Bogarodzicy w Veclaicene ma charakter międzynarodowy, gdyż z racji położenia przy granicy z Estonią skupia Łotyszy, Estończyków i Rosjan. Do 1918 roku należała ona do estońskiego dekanatu Werro. Charakter otwarty posiada też parafia pw. św. Marii Magdaleny z 1850 roku (cerkiew wybudowano w stylu luterańskiej świątyni z 1867 roku) w Aderkaši. Łotewski język liturgii przeplata się w niej z cerkiewno-słowiańskim. W 2007 roku parafia zgodziła się aby jej proboszczem został Ukrainiec Wadim Diewczenko.
i Stefan Pastuszewski, Pięć tysięcy katolików w Estonii, „Świat Inflant” 2008, nr 7, s. 1-4
ii Marek Ławreszuk, op. cit., s. 285.
iii Ławiskaja Prawosławnaja Cerkow’ 1988-2008 g.g., op. cit., s. 225-226.