Bardzo ważny szlak żeglugowy Morza Bałtyckiego przebiegał już wiele wieków temu przez zachodnie wybrzeże wyspy Hiiumaa (Dagó).
Zagrażała mu bardzo niebezpieczna Jiiu madal zwana też Suurrahu (płytka rafa), która spowodowała katastrofę statków. Hanzeatycka Liga Kupców była więc zainteresowana oznaczeniem w jakiś sposób tego niebezpiecznego miejsca. W 1500 roku magistratowi Tallinna udało się uzyskać pozwolenie od biskupa Jana III Orgesa na wzniesienie budowli. Na lokalizację punktu orientacyjnego wybrano najwyższy szczyt półwyspu Kõpu (i całej zachodniej Estonii) – 68 metrów nad poziomem morza. Później miejsce to nazwano Tornimae (Góra Wieżowa). Prace budowlane zostały na wiele lat wstrzymane z powodu zarazy. Nie wiadomo, kiedy ukończono budowę pierwszej wieży, ale na pewno w 1531 roku ona już tam była. W tamtych czasach znak ten był właściwie nieoświetlonym punktem orientacyjnym, ponieważ w nocy nie rozpalano nad nim ognia. Wieżę o szerokości 8 metrów i wysokości 20 metrów można było widzieć w dzień przynajmniej z odległości 20 kilometrów.
Starą latarnię Kõpu przebudowano na latarnię morską dopiero jesienią 1649 roku. Na szczycie wieży rozpalano na żelaznym ruszcie. Drewno wciągano po pochyłych zboczach za pomocą lin. Obsługa wspinała się po drewnianych schodach znajdujących się po zewnętrznej stronie wieży. W ciągu 180 dni, gdy trzeba było rozpalać ogień, zużywano około 1000 sążni drewna. Od 1805 roku zaczęto stosować olej konopny.
Latarnią morską zarządzało państwo od 1810 roku, po czym przeprowadzono szereg przebudów. Z dolnej części wycięto schody liczące 69 stopni prowadzące do części górnej. Zbudowano dwa pomieszczenia jedno na drugim, a na nich wybudowano nowe pomieszczenie na lampy.
Do oświetlenia wieży zaczęto w 1854 r. używać ropy naftowej. System zwierciadeł zmieniono na pryzmat dioptryczny Fresnela i żarówki naftowe w 1860 r. W 1900 r. zakupiono maszynownię z obrotową optyką z Wystawy Światowej w Paryżu. W czasie II wojny światowej latarnia uległa zniszczeniu. Odnotowano go po wojnie, najpierw jako migające światło, a później obracające się. W 1963 roku zmieniono oświetlenie gazowe na elektryczne. Obecny system działa od 1981 roku. Pod koniec lat 80-tych XX wieku wokół wieży ułożono bardzo mocną betonową opaskę w celu wzmocnienia budynku. Obecnie wysokość latarni wynosi 37 metrów. 102 metry od poziomu morza. Przy dobrej pogodzie widoczność sięga prawie 50 km. Latarnia morska Kõpu jest trzecią najstarszą działającą latarnią morską na świecie i pierwszą w Estonii.