Lettyzacja Cerkwi w okresie Pierwszej Niepodległości i powtórna rusyfikacja podczas kolejnych okupacji
Po śmierci abp. J. Pommersa, wciąż jeszcze, choć już raczej symbolicznie panująca na niwie kościelnej, moskiewska jurysdykcja poddała Cerkiew łotewską pod tymczasowy zarząd metropolity litewskiego Jewfierija (Bogojawlenski), który urzędował w Kownie. Łotewski rząd nie przystał jednak na takie rozwiązanie i wymógł na Synodzie, aby ten wzorem Cerkwi estońskiej poddał się pod jurysdykcję Konstantynopola. Tak też się stało. Na metropolitę ryskiego wybrano ks. Augustīna Pētersonsa (1873-1955), chirotonia którego odbyła się 29 marca 1936 roku w soborze katedralnym pw. Narodzenia Chrystusa w Rydze.
Sakry udzielili biskupi jurysdykcji konstantynopolitańskiej oraz estońscy. Powołano dwóch biskupów-wikariuszy: Jakowa (Karp) dla Mitawy (Jełgawa) i Aleksandra (Vitals) dla Dyneburga (Daugavpils) z tytułem jersickiego, a później jersickiego i madońskiego, jako że w regionie madońskim Łotysze dominowali w prawosławiu. Wiodące funkcje kościelne zaczęli pełnić Łotysze.
Lettyzacja Cerkwi polegała również na rugowaniu typowo rosyjskich symboli, szczególnie tych, które wiązały się z rosyjskim imperializmem. Na przykład, powstałą w 1928 roku parafię pw. św. Aleksandra Newskiego w Limbaži, którą w 1845 roku zasiliło aż 1054 luteran, w 1937 roku przemianowano na Przemieniania Pańskiego.
Aneksja Łotwy przez ZSRR w 1940 roku zmieniła całkowicie sytuację. Sterroryzowani przez bolszewików biskupi łotewscy wyrazili skruchę i zostali in gremio przyjęci w skład hierarchii RPC. 24 lutego 1941 roku utworzono Egzarchat Łotwy i Estonii (Egzarchat Nadbałtycki), w którym funkcję egzarchy powierzono metropolicie wileńskiemu i całej Litwy Siergiejowi (Woskriesienskj). Wówczas to metropolita Augustin wraz z grupą kapłanów i wiernych odłączył się, zakładając własną jurysdykcję. Po zajęciu Inflant przez Niemców, rosyjski egzarcha z Wilna nawiązał z nimi współpracę i korzystając z hitlerowskiej polityki zapewniania na terenach okupowanych reglamentowanej swobody wyznaniowej w celu pacyfikowania i kontrolowania ludności, przystąpił do odradzania prawosławnego życia religijnego poza swoim egzarchatem, na terenie wyjałowionych przez bolszewicki ateizm obwodów byłego ZSRR: Pskowskiego, Nowogrodzkiego, Leningradzkiego i Twerskiego. W tzw. Misję Pskowską angażował duchownych z Litwy, Łotwy i Estonii, którzy w czasie kolejnej okupacji radzieckiej byli za to represjonowani. Biskup Siergiej został 29 kwietnia 1944 roku zabity przez partyzantów w drodze z Wilna do Rygi.
Egzarcha Siergiej 28 lutego 1943 roku chirotonizował na biskupa ryskiego ks. Jānisa Garkławsa, który jednak 22 września 1944 roku uciekł na Zachód przed zbliżającym się frontem, wywożąc cudowną ikonę Matki Bożej Tichwińskiej. Związał się z Rosyjską Prawosławną Cerkwią za Granicą, będąc w niej biskupem chicagowskim i mineapoliskim w USA.
Na Łotwie pod rządami radzieckimi władztwo kościelne zaczęli sprawować sprawdzeni, także poprzez reedukacyjne uwięzienie w lagrach, biskupi rosyjscy. To oni dopuścili do przekształcenia w 1961 roku katedry pw. Narodzenia Chrystusa w Rydze w planetarium. Łotewski nurt w Cerkwi zszedł do podziemia, ale też stopniowo wygasał pod wpływem państwowej ateizacji.
Współpraca estońskich Rosjan z sowietami i emigracja prawosławnych Estończyków
Podczas inwazji Armii Radzieckiej na początku 1943 roku część prawosławnego duchowieństwa, ale też parafii skojarzyła się z sowietami. Ewakuowany do Rewla biskup narwski i izborski Paweł (Dmitrowskij) utworzył wówczas, jakby opozycyjną wobec metropolity Aleksandra (Paulus), organizację kościelną. Podczas Świętej Liturgii modlono się za ówczesnego stróża moskiewskiego tronu patriarszego (miestobljustitiel) metropolitę krutickiego i kołomienskiego Siergieja (Starogrodzki) i właśnie za arcybiskupa narewskiego i izborskiego Pawła, co symbolicznie czyniło go głową Kościoła lokalnego.
W ten sposób, tłumacząc to wiernością Kościołowi-Matce, zarysowano nową przynależność kościelną. Tym razem Estończycy potraktowali to jako zdradę, tym bardziej, że proces stanowienia nowej jurysdykcji kościelnej nie odbywał się bez wsparcia sowietów, szykujących się do drugiej okupacji Estonii. Jednym z instrumentów tej okupacji miało być niestety rosyjskie prawosławie, odradzane dla celów obronnych, instrumentalnie oczywiście, w czasie Wielkiej Wojny Ojczyźnianej (1942-1945). Estończycy mieli więc prawo traktować te wewnątrzkościelne poczynania jako sowietyzacyjne. Uznając nową, komisaryczną jeszcze władzę, duchowieństwo rosyjskojęzyczne eliminowało język estoński z liturgii na rzecz powszechnie niezrozumiałego, choć skądinąd sakralnego, cerkiewno-słowiańskiego.
Wierność tradycji Kościoła rosyjskiego zrodziła negatywne skutki polityczno-społeczne. Tuż przed druga okupacją sowiecką w 1944 roku metropolita Aleksander wraz z 21 duchownymi i 8.000 wiernymi, lękając się represji sowieckich za współpracę z Niemcami, emigrował do Szwecji, gdzie powołano Prawosławną Cerkiew Estonii Zagranicą, której ciałem zarządzającym był Synod urzędujący w Sztokholmie. Zwierzchność jego uznawał 10.000 prawosławnych Estończyków z różnych części świata.
Na początku lat pięćdziesiątych XX wieku metropolita Aleksander uznał się za egzarchę estońskiego w ramach Patriarchatu Konstantynopolskiego. Zmarł on w 1953 roku, co zdezorganizowało Kościół, tym bardziej, że pozostali biskupi i kapłani estońscy przebywali na deportacji na Syberii. Nowy Synod emigracyjny zorganizował się dopiero w 1958 roku. Wokół wyświęconego w 1956 roku biskupa Grzegorza (Wialbe), który oficjalnie służył jako wikary arcybiskupstwa Fanaru (Konstantynopol). Po jego śmierci w 1961 roku Synod EAKP za Granicą przestał istnieć jako organ administracyjny, a podległe mu parafie podporządkowano lokalnym strukturom podległym pod Patriarchat Konstantynopolitański. Na życzenie Patriarchatu Moskiewskiego w Konstantynopolu wydano w 1978 roku tomos orzekający, że tomos z 1923 roku o autonomii EAKP przestał obowiązywać.
W 1945 roku specjalny wysłannik Patriarchatu Moskiewskiego, arcybiskup Grigorij (Czukow) dymisjonował pozostałych w kraju członków Synodu EAKP i powołał Radę Diecezjalną. Powstała diecezja tallińska Rosyjskiej Prawosławnej Cerkwi, która przejęła cały majątek EAKP. Ordynariuszem z tytułem Metropolity Tallinna i Całej Estonii został biskup Paweł (Dmitrowskij), który nie znał język estońskiego. Przypomniało to sytuację z końca XIX wieku, kiedy to Cerkiew, spełniała rolę rusyfikatora.
Spolegliwym wobec władz radzieckich, choć na swój sposób broniącym Cerkwi, był arcybiskup Tallinna i całej Estonii (1961-1986), późniejszy patriarcha Moskwy i całej Rusi (1970-2008) Aleksy II (Aleksiej Michajłowicz Ridigier; 1929-2008). Był on, podobnie jak wielu prawosławnych hierarchów w ZSRR, agentem KGB o pseudonimie Drozdow. Swoją agenturę tłumaczył koniecznością obrony Cerkwi. W istocie, to dzięki jego staraniom nie zamknięto klasztoru Pskowsko-Peczorskiego, który pozostawał jedynym czynnym klasztorem w ZSRR.
Ostateczny podział społeczności prawosławnej w Estonii
RPC w czasach radzieckich usilnie dążyła do likwidacji estońskiej Cerkwi zagranicznej, zdając sobie sprawę że jest ona moralnym zapleczem prawosławnych Estończyków. W 1978 roku Patriarchat Ekumeniczny w Konstantynopolu, ulegając naciskom Patriarchatu Moskiewskiego, stwierdził, że tomos o autonomii z 1923 roku nie ma już mocy prawnej. Cerkiew zagraniczna formalnie, choć nie w rzeczywistości, nie istniała więc aż do upadku ZSRR. Wówczas to nastąpił podział społeczności prawosławnej w odrodzonej Estonii na tych, którzy uznawali, że Patriarchat Moskiewski zgodnie z prawosławną ideą Kościoła krajowego, nie sprawuje już jurysdykcji w Estonii i na tych, którzy chcieli podlegać tej jurysdykcji. Podział miał w zasadzie charakter etniczny; z jednej strony byli Estończycy, z drugiej, obok zasiedziałych Rosjan, liczni imigranci z okresu ZSRR, jako, że Inflanty mające wyższą stopę życiową niż inne republiki, przyciągały radzieckich Białorusinów, Ukraińców, Polaków. W spór ten włączyły się oba patriarchaty, nie osiągając jednak żadnego porozumienia.
Spór ten mógłby być zażegnany, gdyby proszony o to Patriarchat Moskiewski zgodził się na autonomię Cerkwi estońskiej, lecz on oferował, podobnie jak Cerkwi łotewskiej, tylko samodzielność. „Patriarchat Moskiewski zgodnie z eklezjologiczną zasadą terytorialną, powinien, przy wypełnionych eklezjalnych wymaganiach dotyczących samodzielnego Kościoła wydzielić Kościół estoński z jurysdykcji Moskwy.”
11 sierpnia 1993 roku odrodzony Synod Prawosławnego Kościoła Estonii Zagranicą uzyskał w kraju rejestrację prawną jako legalny sukcesor Estońskiego Apostolskiego Prawosławnego Kościoła. 20 lutego 1999 roku Patriarcha Ekumeniczny Konstantynopola Bartolomeusz I uznał za znów obowiązujący tomos z 1923 roku, który określał kanoniczną podległość EAPK pod ten patriarchat. Wywołało to protest, urodzonego w Rewlu, z ojca Niemca i matki Rosjanki patriarchy moskiewskiego Aleksego II, który stwierdził, że Kościół estoński jest organiczną częścią jego domeny jurysdykcyjnej. Patriarcha Moskiewski – w drodze odwetu – wykreślił czasowo imię Patriarchy Ekumenicznego z dyptychu, czyli liturgicznej modlitwy za żywych i zmarłych hierarchów. Kontakty między obydwoma Kościołami nawiązano dopiero w 1966 roku, zdając sobie sprawę, że problem trzeba rozwiązać. Dialog rozpoczęto na konferencji w Zurychu, a wolę jego kontynuacji potwierdzono w 2001 roku w Berlinie.