Królewiec przez 135 należał do Korony Polskiej jako lenno. Po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego w 1525 roku miasto Królewiec stało się stolicą Prus Książęcych, zależnych od króla polskiego. Wkrótce rozpoczęła się w Prusach wojna religijna, w wyniku której religią panującą stał się luteranizm. W 1542 książę Albrecht Hohenzollern utworzył w Knipawie szkołę partykularną, w której mieli przygotowywać się kandydaci do studiów uniwersyteckich. Szkoła w 1544 została przekształcona w Pedagogium, które istniało do 1617 r. Na prośbę księcia Albrechta król Polski Zygmunt August w 1560 obdarzył uniwersytet w Królewcu takimi samymi przywilejami jakie posiadała Akademia Krakowska.

Dzięki staraniom polskiego króla Zygmunta III Wazy oraz biskupa warmińskiego i sambijskiego Szymona Rud­nickiego, w latach 1614-1616 w Królewcu wzniesiono kościół katolicki. Przed zniknięciem niezależnego Pomorza poprzez jego rozbiór przez Brandenburgię i Szwecję w 1648 r., polski dostęp do morza był szeroki i bezpiecz­ny. Gdańsk był pod bezpośrednią władzą Polski, Królewiec i Kłajpeda były zaś w Prusach Książęcych, które pozostawały pod pośrednim pano­waniem króla Polski. W 1648 r. Brandenburgia, okupując istotną część Pomorza odcięła Polskę od portu w Szczecinie, który pozostał szwedzki i okrążyła polski dostęp do morza od zachodniej strony. To spowodowało tak wielką zmianę sytuacji geopolitycznej, że kilka lat później margrabia Brandenburgii Fryderyk Wilhelm Hohenzollern, który w 1641 r. klęcząc przed tronem króla Polski złożył jak jego poprzednicy przysięgę wierności, w latach 1656/57 był w stanie odrzucić zależność od króla Polski i wzmóc siebie, za szwedzką aprobatą, jako suwerennego władcę Prus Książęcych. W oliwskim traktacie pokojowym z 1660 roku król Polski musiał to wziąć pod uwagę. W ten sposób dostęp do morza poprzez Królewiec i Kłajpedę był dla Polski stracony.

Ten sam elektor Fryderyk Wilhelm, który dzięki traktatom welawsko-bydgoskim z 1657 roku uniezależnił Prusy Książęce od Polski, w swoim testamencie politycznym z 1667 r. napisał: „Od zachowania i utrzymania Polski zależy powodzenie Wasze i Waszych krajów. Obok tego musicie po wszystkie czasy wspierać Rzeczpospolitą przy utrzymaniu dawnych swobód, w żaden sposób nie pozwólcie się ani obietnicami, ani korzyściami Wam ofiarowanymi odłączyć lub odwrócić od Rzeczypospolitej, trzymajcie się też stale Rzeczpospolitej, która nigdy nie wymiera".

Ostatecznie Polska utraciła swoje prawa w Prusach Książęcych po samokoronacji elektora Fryderyka III na króla Fryderyka I w Królewcu w 1701 r. (Polska nie uznawała jednak tego tytułu władców pruskich aż do 1764 r.). Koronacja odbyła się w Prusach Książęcych, gdyż nie były one częścią składową Świętego Cesarstwa Rzymskiego Narodu Niemieckiego, tak więc tytuł króla w Prusach był łatwiejszy do zaakceptowania dla cesarza. W wyniku koronacji ziemie pod władzą elektorów brandenburskich stały się częścią nowego Królestwa Prus. Królewiec był tylko miejscem koronacji, stolica państwa pozostała w Berlinie. Za sprawą tej koronacji miasto zyskało ogromne symboliczne znaczenie jako kolebka zjednoczonych Niemiec. W obliczu tak długiej podległości Królewca, pamiętajmy i mówmy innym, że dawne piękno, bogactwo zabytków i wielkość Królewca wynikały z korzyści układów gospodarczych z Polską i Litwą a uniwersytet powstał właśnie za czasów polskich, bowiem nawet jego statut i prawa nadał król Zygmunt August na wzór Uniwersytetu Krakowskiego.