W nocy z 28 na 29 kwietnia 1961 r. saperzy radzieccy założyli w mury fary Witoldowej w Grodnie wiele kilkusetkilogramowych ładunków dynamitu. I w parę godzin potem wysadzili w powietrze wspaniałą świątynię wzniesioną przez wielkiego księcia Witolda tuż po chrzcie Litwy, dokładnie 600 lat temu. Gotycka świątynia stała na wprost później wzniesionego kościoła jezuitów, dziś bazyliki kadetralnej pw. św. Franciszka Ksawerego.
Tzw. Fara Witoldowa mocno tkwiła w pejzażu Grodna; jej wyniosła wieża widoczna była z dala. Burzliwe były jej dzieje. Królowa Bona świątynię przebudowała, ozdabiając bogato wnętrze wystrojem renesansowym. W okresie rozbiorowym wnoszono tu modły o przetrwanie do niepodległości. Władze carskie odebrały rzymskim katolikom świątynię i uczyniły z niej cerkiew. Po pożarze w 1892 r. zabytkową budowlę przebudowano w stylu cerkiewnym. Dach wieńczyły cebulaste kopuły. W czasie walk o Grodno w 1915 r. i walk polsko-bolszewickich w 1920 r. pociski artyleryjskie zmiotły kopuły i uszkodziły konstrukcję dachu i ścian. Odbudowa świątyni trwała do 1936 r. Odsłonięto mury gotyckie z przyporami i sklepienia gotyckie. Skomponowano nowy gotycki dach i wyniosłą wieżę. Świątynię oddano wielotysięcznemu garnizonowi grodzieńskiemu.
W czasie walk o Grodno latem 1944 r. kościół poważnie ucierpiał, potem służył jako magazyn.
Świątynia swym kształtem przypominała gotycki kościół pw. Wniebowzięcia NMP w Kownie, również szowinistycznie przez litwinów nazywany „Kościołem Witoldowym”.