Od 1926 roku periodyk nabiera dynamiki naukowej, z chwilą pozyskania jako stałego współpracownika, orientalistę prof. UJ T. Kowalskiego, który od 1928 roku wchodził w skład komitetu redakcyjnego.

Obok wymienionego zasiadali: A. Rojecki, działacz Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, prezes jego sekcji kulturalno-oświatowej do XII 1924 roku; S. Firkowicz (Troki), ułłu hazzan (starszy duchowny, zastępował hachana); Z. Nowachowicz (Halicz), adwokat, wielokrotnie we władzach gminy; Z. Szpakowski (Łuck) późniejszy prezes gminy łuckiej; Z. Zarachowicz (Halicz) były prezes Związku Oświatowego Młodzieży Karaimskiej „Odrodzenie”, działacz gminy halickiej; I. Zajączkowski (Wilno) adwokat, wieloletni wiceprezes i prezes gminy wileńskiej; A. Zajączkowski (Wilno) wybitny uczony orientalista, rozpoczynający wówczas karierę akademicką.Najistotniejszą zmianę w powyższym składzie personalnym odnotowujemy odzeszytu z marca 1931 r., kiedy z rąk A. Rojeckiego, redakcję czasopisma obejmie AnaniaszZajączkowski, uczeń prof. T. Kowalskiego. Nowymi członkami komitetu redakcyjnegozostali: JózefŁobanos, ówczesny hazzan wileński, późniejszy łucki; AleksanderMardkowicz, badaczdziejów karaimskich, honorowy członek gminy w Haliczu.

Losy pisma od 1932 roku wiążą się z powstałym wówczas w Wilnie TowarzystwemMiłośników Historii i Literatury Karaimskiej. Asumpt do utworzenia towarzystwa miał daćhachan trocki SerajaSzapszał, który nota bene został prezesem honorowym tej instytucji.Autorem statutu towarzystwa był ówczesny prezes gminy wileńskiej E. Jutkiewicz. 24 IV1932 roku walne zebranie powołało władze TMHiLK: I. Zajączkowski jako prezes, S.Firkowicz wiceprezes, Lidia Szole sekretarz, ostatnią funkcję przejął następnie S. Szyszman. Skarbnikiem został AbrahamSzyszman.

Członkami zarządu zostali: ZachariaszNowachowicz, AleksanderMardkowicz, ZacharZarachowicz, Zachariasz Szpakowski. Postanowiono,aby w skład zarządu towarzystwa wchodził obligatoryjnie redaktor naczelny „Myśli Karaimskiej”, w tym wypadku A. Zajączkowski. Honorowym członkiem towarzystwa wybrano prof. T. Kowalskiego. Skład najwyższych władz TMHiLK nie uległ większym zmianom do wybuchu II wojny światowej. Jedynie stanowisko sekretarza powierzono innej osobie, Z. Dubińskiej. Międzyczasie profesorów W. Kotwiczą oraz T. Kowalskiego uhonorowano dożywotnim członkowstwem towarzystwa. TMHiLK za cel istnienia przyjęło badanie karaimskiego dorobku duchowego i materialnego, utrzymanie dziedzictwa kulturowego. Członkowie towarzystwa inicjowali spotkania naukowe lub poświęcone bieżącym zagadnieniom kulturalnym, na których wygłaszano referaty, po czym rozpoczynano dyskusję. Wystąpienia prelegentów drukowano następnie w „Myśli Karaimskiej”.

Przez okres międzywojenny wydano łącznie 12 zeszytów „Myśli Karaimskiej”. Po II wojnie światowej ukazały się jeszcze 2 numery tego periodyku, w 1946 i 1947 r.Redaktorem pisma pozostał, już wówczas profesor uniwersytecki, A. Zajączkowski zarazem jako wydawca w imieniu Karaimskiego Związku Religijnego. Znamienne dla okresuprzesiedleń Karaimów, miejscem wydania czasopisma jest Wrocław, a nie Wilno. Jak z emfazą pisze redakcja, Karaimi osiedlają się na nowych terenach „(...) aby tu pełnić zaszczytną misję osadników na Ziemiach Zachodnich”. Pismo otrzymywało subwencję od WydziałuNauki Ministerstwa Oświaty oraz Departamentu Wyznań MAP. Redakcja zapowiadała, że zajmowaćsię będzie zagadnieniami z orientalistyki, łączącymi się z karaimoznawstwem. Wśród piszących do powojennej „Myśli Karaimskiej” dostrzeżemy dawnych autorów, pracowników nauki jak; T. Kowalski, M. Morelowski, B. Baranowski. Nowo pozyskanymi piórami byli J. Czekanowski, czy znakomity orientalista J. Reychman, w tym okresie asystent UW. Ostatni wydany zeszyt „Myśli Karaimskiej” z 1947 r., był jednocześnie numerem okolicznościowym związanym z obradami Wielkiego Karaimskiego Zarządu Duchownego.

Standardowy numer „Myśli Karaimskiej” pod względem formy, zawierał kilka artykułów o charakterze naukowym lub co najmniej popularnonaukowym o tematyce historycznej, etnograficznej, lingwistycznej, czy religioznawczej, łączącsię z problematyką karaimską. Interesujące są rubryki poświęcone życiu teraźniejszym Karaimów polskich, także innym ośrodkom karaimskim rozsianym po świecie. Prowadzony był dział recenzji wydawniczych dotyczących karaimoznawstwa. Dział zatytułowany “Varia”, dostarczał ciekawych informacji i np. w III zeszycie z 1 VII 1926 roku znajduje się wykaz Karaimów pracujących w wyższych urzędach państwowych. Materiały statystyczne o demografii Karaimów znajdziemy w I zeszycie z 20 X 1924 roku.

W 1939 roku pojawia się rubryka publikująca materiały archiwalne, przynosząca m.in.korespondencję gminy w Łucku z T. Czackim, w opracowaniu W. Zajączkowskiego. Pojawienie się tego działu wiązać należy z realizacją postulatu badawczego postawionego przez prof. T. Kowalskiego, w którym domagał się przeprowadzenia szerokiej kwerendy archiwalnej w celu odsłonięcia źródeł do dziejów Karaimów i ogłoszenia ich drukiem.

Obficie na łamach „Myśli Karaimskiej” prezentowana jest twórczość literacka w rodzimym języku. Najczęściej są to utwory S. Firkowicza(także tłumaczenia twórców polskich np. Mickiewicza), Z. Abrachamowicza, JózefaŁobanosa, Aleksandra Abkowicza. „Myśl Karaimska” to także źródło materiałów fotograficznych. Na kartach czasopisma uwieczniono widoki kienes, ulic karaimskich. Zobaczyć można portrety osobistości karaimskich np. AleksanderFirkowicza, EmanuelaKobeckiego, SerajaSzapszała. Ważniejsze wydarzenia z życia Karaimów są utrwalone zdjęciami opublikowanymi w „Myśli Karaimskiej”.

Do tematów wiodących w piśmie wileńskim należy akcentowanie historycznych związków Karaimów z Rzeczypospolitą, podkreślenie lojalności tej mniejszości etnicznej względem państwa polskiego. Już w pierwszym numerze czytamy, że „(…)Karaimowie do Polski dostali się za sprawą dawnych jej władców, którzy osadziwszy ich na swych ziemiach; użyczali im swej pomocy w wielu dziedzinach, czego wymownym świadectwem są z pietyzmem w oryginałach przechowywane przywileje dawnych królów polskich. Niektóre z tych dokumentów reprodukowane są w „Myśli Karaimskiej” np. przywilej Zygmunta III. „Myśl Karaimska” informuje, że prezydent Mościcki ofiarował 700 zł na zakup ozdobnej szafy dla przechowywania przywilejów królewskich. Również Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego wyasygnowało pieniądze na potrzeby archiwalne Karaimów, w tym konserwację przywilejów.

O zmianach terytorialnych po I wojnie światowej, redakcja pisze: „(...) odzyskanie przez Polskę ziem kresowych było niczym innym jak rewindykacją tych dzielnic ongiś wchodzących w skład Rzeczypospolitej”„(...) Powyższe zdanie najlepiej charakteryzuje przywiązanie „Myśli Karaimskiej” do Polski. W koncepcji „Myśli Karaimskiej” związek ludności karaimskiej z Rzeczypospolitą Obojga Narodów, zasadzał się na wzajemnych korzyściach. Karaimi tworzyli - wraz z Tatarami - forpocztę obrony przed rycerstwem zakonnym. Oddawali usługi handlując ze Wschodem, a także pośrednicząc w wykupie jeńców polskich z rąk tureckich. W ciężkich próbach dla Polski, dochowali wierności Rzeczypospolitej.

Szczególnie uroczyście „Myśl Karaimska” świętuje 10-lecie Niepodległości Polski. Na poczesnym miejscu publikowany jest tryptyk poetycki w j. karaimskim, ułłu hazzana S. Firkowicza, ułożony na cześć Rzeczypospolitej. Także w tym numerze redakcja przedrukowuje okolicznościowy list pasterski hachana S. Szapszała, w którym m.in. czytamy słowa wdzięczności pod adresem narodu polskiego- dzięki któremu „(...) gminy karaimskie rozdzielone przez długie lata (...) zjednoczyły się ponownie i bytują szczęśliwie, tuląc się pod skrzydła potężnego Orła Białego”.

Szczegółowo „Myśl Karaimska” relacjonuje wizytę prezydenta I. Mościckiego w Trokach, 17 VI 1930 roku, dającą nowy dowód sympatii polsko-karaimskich. Okazją do demonstrowania uczuć patriotycznych u Karaimów, staje się śmierć Marszałka J.Piłsudskiego, któremu redakcja pisma wileńskiego oddaje; „Najwyższą Cześć i Hołd Jego Wieczystej Pamięci”. Hachan wydaje z tej okazji list pasterski opublikowany w „MyślKaraimskiej”, a ówczesny hazzan wileński Józef Łobanos układa pieśń żałobną ku czci zmarłego Marszałka, drukowaną również w periodyku karaimskim. Ostatni przed wybuchem II wojny światowej zeszyt „Myśli Karaimskiej” informuje o ofiarności poszczególnych gmin wyznaniowych łożących na Fundusz Obrony Narodowej oraz pożyczkę przeciwlotniczą. Dewiza polityczna, lojalność dla państwa polskiego, pozwala „Myśli Karaimskiej” także w zmienionej sytuacji politycznej po II wojnie światowej, formułować opinię, że Karaimi „(...) w swych dążeniach i usiłowaniach (...) w Polsce spotykają tradycyjnie życzliwy stosunek u przedstawicieli Rządu Rzeczypospolitej”.

Zagadnienie do którego „Myśl Karaimska” przywiązywała w swych dziejach znaczną uwagę, to troska o kondycję współczesnych Karaimów. W pierwszych latach działalności, „Myśl Karaimska” ubolewała nad stanem tymczasowości organizacyjnej panującym w gminach, wyrażającym się szczególnie dobitnie w obsadzaniu urzędów duchownych na zasadzie „pełniący obowiązki”. Z. Nowachowicz konstatował: „Wszędzie prowizoryczność i nikt z duchownych nie może założyć programu swej pracy, gdyż nie wie, czy nazajutrz będzie dalej spełniał te obowiązki”. Autor, remedium na opisany stan rzeczy dostrzega w opracowaniu przepisów statutowych gmin, a szerzej w ułożeniu prawnym stosunków między Karaimskim Związku Religijnym, a państwem. Również Z. Zarachowiczzauważał brak stabilności kadrowej duchowieństwa, a szczególnie niepokoił go nie obsadzony urząd hachana. Wzywa Karaimów do zbudowania wewnętrznej jedności nieodzownej przy wypracowaniu zasad prawnych potrzebnych do likwidowania wakansów na stanowiskach duchownych „(...) przez co ustali się ciągłość pracy duchowieństwa wśród parafian i położy się kres różnym fermentom jakie teraz obserwujemy”.

Troską „Myśl Karaimską” napawała kwestia kształcenia religijnego młodzieży. W 1924 roku Z. Zarachowicz podawał, że jedynie Troki „(...) mogą poszczycić się systematycznym nauczaniem młodzieży (...), a w Wilnie, Haliczu wiele dzieci (...) nie pobierają nauki religii”. W gminie łuckiej zagadnienie powyższe o tyle nie niepokoiło Z. Zarachowicza, ponieważ jak pisał „(…) w gminie tej prawie, że niema młodzieży w wieku szkolnym”. Receptę na opisane kłopoty widziano w tworzeniu szkółek wyznaniowych. Pielęgnowanie dziedzictwa duchowego wymaga także, co podkreślała „Myśl Karaimska”, posługiwania się j. karaimskim w ognisku domowym, na spotkaniach towarzyskich. Dbałość o powszechne używanie przez Karaimów własnego języka, łączona była z postulatem oczyszczania słownictwa rodzimego z obcych naleciałości. W dyskusji nad tym problemem hachan S. Szapszał zachęcał do akcjipuryfikacji j. karaimskiego, podobnie jak I. Zajączkowski. A. Zajączkowski również zgadzał się z tą potrzebą, niemniej zwracał uwagę, aby nie usuwać zapożyczeń historycznie trwałych.E. Kobecki przekonywał do rozpowszechniania języka karaimskiego duchownego jakopierwotnie czystego.'⁶

Troska o życie religijne, kontynuację tradycji karaimskich zmuszała, co zaznacza „Myśl Karaimska”, do otoczenia opieką kienes. Szczególnie niepomyślna w tym względzie była w latach dwudziestych sytuacja świątyni w Lucku. Za stan pogłębiającej się jej upadku, „Myśl Karaimska” obwinia obojętność społeczeństwa karaimskiego.

Z nadzieją na odnowienie życia karaimskiego witała redakcja czasopisma wileńskiego, wybór S. Szapszała na stanowisko hachana trockiego, słowami „(...) my mamy w Tobie już Pasterza i Włodarza naszego ducha, szafarza wiedzy i zastępcę przed Bogiem i ludźmi”. Zeszyt informujący o wyborze hachana, opatrzony jest życiorysem i zdjęciem S.Szapszała. Pismo dbając o autorytet i popularność dostojnika duchownego Karaimów,przynosiło sukcesywnie wiadomości o działalności hachana, kolejnych uroczyście organizowanych wizytacjach gmin, otrzymywanych odznaczeniach państwowych,oficjalnych zaproszeniach.

Numer 12 „Myśli Karaimskiej” z 1939 roku, jest jednocześnie Księgą Pamiątkową ku czci hachana wydaną z okazji X rocznicy ingresu. Redaktor A. Zajączkowski podnosi wysoko zasługi S. Szapszała dla społeczności karaimskiej. Zalicza do nich na poczesnym miejscu, ostateczne uregulowanie palącej kwestii położenia prawnego Karaimskiego Związku Religijnego. Innymi doniosłymi dokonaniami hachana, w opinii A. Zajączkowskiego, są: założenie Towarzystwa Miłośników Historii i Literatury Karaimskiej oraz danie impulsu do utworzenia w Trokach, Karaimskiego Muzeum Etnograficzno-Historycznego.Księga Pamiątkowa pragnie ukazać S. Szapszała nie tylko jako wybitnego karaimskiego męża stanu, ale także jako uznanego orientalistę. „Myśl Karaimska” informuje czytelnika, że hachan S. Szapszał jest członkiem Komisji Orientalistycznej Polskiej AkademiiUmiejętności, pełni funkcję wiceprezesa Polskiego TowarzystwaOrientalistycznego. Sporządzono także bibliografię prac naukowych adresata Księgi Pamiątkowej.

Ważny blok tematyczny w „Myśli Karaimskiej” związany jest z poszukiwaniem korzeni narodowych przez Karaimów. Chcąc określić się jako nie tylko grupa religijna, lecz narodowa. Karaimi na łamach czasopisma wileńskiego, ukazują więzi z substratemkulturowym tureckim. Periodyk stara się podtrzymać tezę sformułowaną jeszcze przez A. Firkowicza (1786-1874) o chazarskiej genezie Karaimów krymskich, a pośrednio, wywodzących się od nich Karaimów polskich. Koncepcji o chazarskim rodowodzie kultury karaimskiej patronował S. Szapszał, klasyfikując Karaimów mieszkających na obszarach byłego cesarstwa rosyjskiego, jako lud turecki wywodzący się od Chazarów. Karaimów żyjących w Stambule, Jerozolimie, Kairze zaliczał do pnia semickiego. Szerzej o pokrewieństwach Karaimów z Chazarami pisał, powołując się na argumenty lingwistyczne, religioznawcze, A. Zajączkowski. Język karaimski, dowodził A. Zajączkowski, jako narzecze kipczacko-kumańskie, spokrewniony jest z j. Karaczajów i Bałkarów, grup etnicznych tureckich, sukcesorów muzułmanów chazarskich. Chazaria w hipotezie A. Zajączkowskiego, przyjęła judaizm w wersji nieortodoksyjnej, odrzucającej Talmud, uznającej wyłącznie autorytet Starego Testamentu, czyli karaizm (hebr. "qara" - czytać, recytować). Karaimi, w sensie grupy etnicznej lud turecki, w okresie chazarskim związali się religijnie z omówionym odłamem judaizmu, który trafił na tereny między M. Czarnym, a M. Kaspijskim. Nazwa religijna przylgnęła na określenie jednego z narodów zamieszkujących państwa chazarskie. W Chazarii jak zwraca uwagę A. Zajączkowski, panowała tolerancja religijna, umożliwiająca swobodny rozwój islamu, chrześcijaństwa, czy dawniejszych wierzeń lokalnych. Wielość koegzystujących religii umożliwiła przepływ nazw, pojąć teologicznych, czy liturgicznych. W kulturze duchowej Karaimów, A. Zajączkowski wykrywa tradycje starotureckie, a także chrześcijańskie, mozaistyczne, muzułmańskie wyrażone w zapożyczeniach w nazewnictwie religijnym, co świadczyłoby o przebywaniu ludności karaimskiej w chazarskim tyglu kulturowym. Redaktor czasopisma wileńskiego dodaje, że Karaimi podobnie do Chazarów posługiwali się alfabetem hebrajskim zachowując własny język.

Bardziej stonowaną opinię o paranteli chazarskiej wyraził T. Kowalski, zalecając przeprowadzenie dalszych badań językowych i archeologicznych. Generalnie akceptował tezę, że Karaimi są ludem tureckim, niemniej dostrzegał antropologiczne domieszki wynikłe z małżeństw żydowsko-karaimskich między wyznawcami tej samej religii, odmiany judaizmu. Uczony krakowski zwracał uwagę, że piśmiennictwo u Karaimów kwitło przez długi okres czasu przede wszystkim w j. hebrajskim, co oznaczałoby wpływy kultury żydowskiej.

W konkluzji T. Kowalski zauważył, że również Turcy Osmańscy w przeciągu dziejów przyjęli pewną ilość cech nietureckich, co jednak nie przeszkadza określać ich jako lud o specyficznych, wyłącznie im przynależnych przymiotach i dlatego, dodaje orientalista krakowski; „Kto, jak niektórzy pisarze żydowscy, uważa ich (tzn. Karaimów - uwaga J.F.) protest przeciw utożsamianiu ich z Żydami, za złośliwy upór z ich strony, dowodzi tym samym braku elementarnych wiadomości o dziejach i kulturze tego ludu”.