W II Rzeczypospolitej karaimskie gminy wyznaniowe istniały w Wilnie, Trokach, Lucku, Haliczu. Liczba wiernych wynosiła około 1500 osób. Posługę religijną wykonywało 9 duchownych. W porównaniu do okresu przedrozbiorowego, poza Polską znalazł się ośrodek karaimski w Poniewieżu, który przypadł terytorialnie Litwie. Przed I wojną światową działały 2 ośrodki najwyższej karaimskiej władzy duchownej hachanaty, jeden w Eupatorii na Krymie, drugi w Trokach. W tej ostatniej miejscowości urząd hachana, po śmierci Romualda Kobeckiego, pozostawał nie obsadzony w latach 1910-1927.
Zasadniczym zadaniem Karaimów polskich w okresie międzywojennym będzie zunifikowanie statutu gmin wyznaniowych, unormowanie stosunku prawnego z państwem, usunięcie wakansów urzędów duchownych. Powyższe cele wynikały z dziedzictwa zaborów, szczególnie w dziedzinie ujednolicenia przepisów dotyczących ustroju gminy. Wilno, Troki, Łuckpodlegały przepisom prawa wyznaniowego byłego cesarstwa rosyjskiego, a Halicz austriackiego.
Próbę unifikacji przepisów dla gmin karaimskich oraz przygotowanie projektu ustawy o Karaimskim Związku Religijnym podjęło Wileńskie Stowarzyszenie Karaimów, utworzone 20 IV 1921 roku. Stowarzyszenie rozpoczęło ożywioną działalność z chwilą ukonstytuowania 21 I 1923 roku zarządu w składzie: EmanuelKobecki jako prezes, Izaak Zajączkowski, Eliasz Jutkiewicz, Ananiasz Jutkiewicz, AnaniaszRojecki, LidiaSzolówna, ZinaŁopattówna.
Oprócz działalności projektodawczejzarząd pragnął, by stowarzyszenie pełniło rolę organu reprezentującego samorząd gminny. To ostatnie zamierzenie napotkało na opór części lokalnej społeczności i stowarzyszenie ograniczyło działalność do łam kulturalno-oświatowych, zachowując inicjatywę w pracach nad rozwiązaniem sytuacji prawnej wyznania karaimskiego. Zarząd stowarzyszenia przy wydatnym wysiłku E. Kobeckiego, konsultując się z pozostałymi gminami karaimskimi, opracował projekty; „Tymczasowych przepisów o stosunku rządu do Karaimskiego Związku Religijnego i zasadach zarządzania sprawami duchownymi Karaimów” oraz „Statutu karaimskiej gminy wyznaniowej”. Projekty trafiłypoprzez Delegata Rządu w Wilniedo Ministerstwa WyznańReligijnych i Oświecenia Publicznego, dnia 28 VI 1923 roku. Własny projekt statutu przedstawiła gmina halicka,która poczyniła w tym kroki już w 1919 roku, a ponowiła starania 27 IX 1924 roku.
Projekty prawne przygotowane przez Wileńskie Stowarzyszenie Karaimów przewidywały istnienie urzędu hachana karaimskiego z siedzibą w Trokach, sprawującego naczelną władzę duchową. Funkcja hachana obierana przez kolegium wyborcze złożone z kleru i osób świeckich, wyznaczona była na 7 letnią kadencję. Oprócz terminowości sprawowania urzędu, władzę hachana krępowała kolegialna instytucja. Duchowny Konsystorz Karaimski w którym zasiadaliby, hachan jako przewodniczący oraz hazzanowie (duchowni) wszystkich kienes (świątyń). Konsystorz pracowałby permanentnie pod kierownictwem hachana, z udziałem dwóch członków. Walne zgromadzenia konsystorza odbywałyby się raz do roku. Sprawowanie urzędu hazzana określono na 3 lata. O wyborze duchownego decydowałoby zebranie parafialne, na które parafie mogły delegować osoby bez różnicy płci. Poszczególnej gminie przysługiwałaby osobowość prawna. Organami gminy byłby zarząd i komisja rewizyjna. Na temat składu zarządu istniały między gminami rozbieżne stanowiska. Halicz i Łuck oponowały wobec udziału hazzana w składzie zarządu gminy. Gmina w Haliczu opowiadała się także za dożywotnim wyborem duchownych. Jak wynika z dalszego przebiegu czynności legislacyjnych, wśród społeczności karaimskiej budziło kontrowersję również zagadnienie udziału kobiet w wyborach duchowieństwa.
Dokumenty projektów, które wpłynęły do MWRiOP od Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów i gminy halickiej, wróciły do Delegata Rządu w Wilnie, wraz z uwagami poczynionymi przez urząd wojewódzki w Stanisławowie, któremu podlegał Halicz. MWRiOP pragnęło, aby społeczność karaimska uzgodniła ich treść i rozpatrzyła zmiany zaproponowane przez wojewodę stanisławowskiego. 30 XI 1924 roku odbyła się w Wilnie konferencja karaimska z udziałem przedstawicieli gmin, Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, a także Duchownego Zarządu Karaimskiego z tymczasowo pełniącym obowiązki hachana, SzymonaFirkowiczem.
- Kobecki w imieniu Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, chciał by konferencja jedynie uprawomocniła stowarzyszenie w dalszej pracy legislacyjnej. Zdecydowano jednak, że konferencja postanowi o kształcie przepisów pozwalając tytułem kompromisu, by stowarzyszenie wileńskie zajęło się ich wprowadzeniem w życie. Konferencja zajęła krytyczne stanowisko wobec opinii urzędu wojewódzkiego wStanisławowie odnośnie „Tymczasowych przepisów o stosunku rządu...” autorstwa Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, zarzucając jej próbę wprowadzenia nadmiernej ingerencji władz administracyjnych w życie gmin. Zaakceptowano natomiast postulat do statutu rozpatrywania protestów wyborczych do władz gminnych przez czynnik państwowy. Dyskutowano o terminowości władz duchownych, prawie wyborczym kobiet, udziale w zarządzie gminy hazzana. Pomimo, że wynik głosowań przebiegł w myśl założeń projektów dokonanych przez Wileńskie Stowarzyszenie Karaimów, gmina halicka trwała przy odrębnym statucie, który zapewniał duchownym dożywotni wybór. Opozycja wobec rozstrzygnięć konferencyjnych istniała także w łonie Duchownego Zarządu Karaimskiego wpływającego w tym duchu na ludność karaimską. Chcąc pozyskać troczan, E. Kobecki z Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, skłonny był poświęcić prawo wyborcze kobiet dla zachowania koncepcji kadencyjności władz duchownych.
Obok sporów karaimskich, stan tymczasowości prawnej Karaimskiego Związku Religijnego pogłębiały dyskusje między ministerstwami odnośnie udzielania gminom karaimskim osobowości prawnej. Do szybkiego rozwiązania sytuacji prawnej wyznania karaimskiego nie przyczyniła się decyzja MWRiOP, aby w pierwszej kolejności unormować stan prawny pomiędzy państwem, a kościołem rzymsko-katolickim, prawosławnym oraz Żydowskim Związkiem Religijnym.
Faktem rozpoczynającym stabilizację wewnętrzną Karaimskiego Związku Religijnego, stał się wybór na stanowisko hachana. 23 X 1927 roku odbył się zjazd wyborczy w Trokach, na który gminy delegowały po jednym kandydacie. Troki reprezentował E. Kobecki, Halicz - Z. Nowachowicz gminę wileńską - I. Zajączkowski, a Łuck - Z. Szpakowski. Przedstawicielem Duchownego Zarządu Karaimskiego był S. Firkowicz. Zjazd wyborczy zaszczycił obecnością wojewoda wileński Władysław Raczkiewicz. Jedynym kandydatem na urząd najwyższego duchownego karaimskiego był dawny hachan krymski, Seraja Bej Szapszał. Jego osoba uzyskała uznanie w oczach delegatów, na ogólnokaraimskim zjeździe wyborczym. Decyzję zjazdu MWRiOP przyjęło do zatwierdzającej wiadomości, 10 XI 1927 roku. Zjazd trocki powierzył nowo wybranemu hachanowij prowadzenie prac zmierzających do uregulowania prawnego relacji pomiędzy Karaimskim Związkiem Religijnym, a państwem, a także w dziedzinie statutu związku.
Dwustronne zabiegi, rządu oraz hachanatu, doprowadziły do sfinalizowania aktem ustawodawczym- 21 IV 1936 roku, zasad stosunku państwa do Karaimskiego Związku Religijnego. 26 VIII 1936 r., Rada Ministrów aprobowała statut związku. W porównaniudo projektów prawnych autorstwa Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, wprowadzone wżycie przepisy udzieliły hachanowi większej autonomii działania. Wyraża się to poprzez jego dożywotni wybór, a także w sprowadzeniu Karaimskiego Zarządu Duchownego do roli organu doradczego, zwoływanego dowolnie przez hachana. W stosunku do dawnych założeń wilnian, obecne postanowienia wyłączyły kobiety z udziału w wyborach duchowieństwa.
Po II wojnie światowej, 11 XI 1945 roku, zawiązał się Komitet Organizacyjny Karaimskiego Związku Religijnego z siedzibą tymczasową w Podkowie Leśnej. Skład komitetu tworzyli: Ananiasz Zajączkowski jako prezes oraz AnaniaszRojecki, Z. Szpakowski (były prezes gminy w Łucku). Komitet posiadał delegatury; w Opolu (J. Kaliski) oraz w Gdańsku (S. Isakowicz). Do zadań komitetu należało czuwanie nad karaimską akcją przesiedleńczą, przygotowanie nowych obiektów dla wykonywania praktyk religijnych. Komitet rozpoczął także starania o ponowne unormowanie stosunków z państwem. Po akceptacji Ministerstwa Administracji Publicznej, komitet przejął tymczasowo funkcję reprezentowania władz Karaimskiego Związku Religijnego, a także rozpoczął przygotowania do zwołania Wielkiego Karaimskiego Zarządu Duchownego, który odbył się w maju 1947 roku, w Podkowie Leśnej. Powyższe forum ustanowiło Karaimski Zarząd Duchowny - przed wojną organ o charakterze doradczym - ciałem reprezentującym najwyższą władzę w Karaimskim Związku Religijnym.
Zarysowane powyżej od strony prawa wyznaniowego dzieje Karaimskiego Związku Religijnego, ukazały rolę Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów. Organizacja tama zarazem poważne zasługi w dziedzinie kulturalno-oświatowej. Czasopismo „Myśl Karaimska” zawdzięcza swe początki działaczom Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów, którzy postanowili założyć periodyk naukowy z działem literacko-społecznym wychodzący w języku polskim, posługujący się alfabetem łacińskim przy translacji języka karaimskiego. Artykuły ukazywały się w języku polskim. Twórczość literackadrukowana była w języku karaimskim przy pomocy alfabetu łacińskiego.
Przed I wojną światową środowisko karaimskie posiadało czasopisma używające języka lub alfabetu rosyjskiego. W Moskwie ukazywała się w latach 1911-1912„KaraimskajaŻizń”. W Wilnie wychodziło między rokiem 1913, a 1914 „Karaimskoje Słowo”. W 1913 roku istniało w Łucku czasopismo literackie „Sabach”, którego twórcą był S. Rudkowski.
W Polsce międzywojennej tradycje czasopiśmiennictwa w Łucku kontynuował A. Mardkowicz redagując periodyk „KarajWazy” wydawany w języku karaimskim w okresie lat 1931-1938. W Trokach Koło Młodzieży Karaimskiej „Bir-Baw” wydawało między 1930, a 1934 rokiem, czasopismo „DostuKarajnyn”. W Wilnie, O. Pilecki próbował redagować pismo „Sahyszymyz” zamieszczające publikacje w języku karaimskim z tłumaczeniem rosyjskim. Inicjatywę tę skrytykowała „Myśl Karaimska” pisząc, że przedsięwzięcie O. Pileckiego może wywołać „(...) u społeczeństwa polskiego i u władz polskich (...) wrażenie, że Karaimi ciążą doRosji i do kultury rosyjskiej i że bajką jest twierdzenie tych, którzy mówią, że Karaimi są dobrymi obywatelami polskimi”.
Pierwszy numer „Myśli Karaimskiej” ukazał się 20 X 1924 roku. Redakcja zapowiadała
że na łamach czasopisma „(...) rozpatrywać będziemy wszystkie zagadnienia naszego życia społecznego i religijnego, dając jednocześnie miejsce różnym kierunkom myśli karaimskiej, wychodząc z założenia, iż z przeciwieństwa wyłania się zbawienny kompromis. Pragniemy, aby pismo nasze było łącznikiem wszystkich Karaimów w Polsce, chcących pracować czynnie i świadomie dla przyszłości swego narodu”.
W początkowym okresie redaktorem odpowiedzialnym „Myśli Karaimskiej”, który zarazem występował jako wydawca w imieniu zarządu Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimskiego, był Ananiasz Rojecki. Siedziba redakcji mieściła się w Wilnie, pierwotnie przy ulicy Kasztanowej. Redakcja „Myśli Karaimskiej” zmieniać jeszcze będzie ulice, ale pozostanie w okresie międzywojennym związana ze stolicą Wileńszczyzny. Nad stroną finansową czasopisma czuwać miał Karaimski Fundusz Prasowy, a personalnie BorysSzyszman, jednocześnie skarbnik Wileńskiego Stowarzyszenia Karaimów. Periodyk cierpiał jednak na kłopoty finansowe, czego wynikiem były opóźnienia wydawnicze i już 3 zeszyt nie zachował początkowego rytmu kwartalnego i ukazał się z całorocznym opóźnieniem, 1 VII 1926 roku. Pewna poprawa materialna pisma mogła nastąpić od 1929 roku, gdy Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego finansowało publikacje naukowe „Myśli Karaimskiej”. Mimo tego czasopismo będzie ukazywało się nieregularnie, z długimi przerwami wydawniczymi, dochodzącymi nieraz do 3 lat.